События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Итак, между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет ее прямиком на Землю. Падение ее вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон поверхности Земли. Это вызывает взрыв ненависти «натуралов» к «координаторам», и при поддержке «Синего космоса» конфликт вновь разгорается… И на протяжении 50 серий герои вновь берутся за оружие, чтобы защитить тот мир, который им дорог.

Лейтенант Оливер Мэй на корабле Йотунхейм, в составе подразделения 603-его дивизиона снабжения, продолжает тестирование новейшего вооружения. Конечной целью этих тестов является поставка данного вооружения силам Зеона для борьбы с Федерацией. По завершении каждого теста, в историю Годичной войны добавляется новая глава, повествующая о испытаниях выпавших на долю пилотов-испытателей и их машин.

В ХХ-м веке человечество успешно осваивает Луну. Именно там располагается научно-исследовательский институт, занятый поисками источников энергии следующего поколения. В свой двенадцатый день рождения Курау, единственная дочь доктора Амами, упрашивает отца взять её с собой на работу. Во время рядового эксперимента происходит несчастный случай – и в тело девочки вселяется загадочный Ринакс. Курау обретает особые способности. При этом она остаётся дочерью доктора Амами и не может покинуть «чужое» тело. Кроме того, Ринаксы могут жить только «парами», и приходится ждать, пока не воплотится «половинка» Курау...

В двадцатом веке случилась чудовищная война. Люди сражались с монстрами. И проиграли. Но люди так уж устроены, что проигрыши помнят хуже побед. Человечество забыло о войне, забыло о поражении, забыло о монстрах. Жизнь продолжается: дети ходят в школу, взрослые работают, бродяги спят в парках. А монстры незаметно собирают дань и людоедствуют. Юный Бокка готовится к пересдаче. Он не очень хороший ученик и вообще много чего не понимает в этой жизни. Бокке кажется, что монстры все-таки существуют, и что именно они съели его друга Кая, объявленного без вести пропавшим. Он подозревает, что взяточничество и коррупция взрослых имеют еще какие-то причины, кроме очевидных. И вот, в один прекрасный... или нет – в один ужасный вечер Бокка получает подтверждение всех своих догадок. Монстры существуют. Война продолжается. А для воинов Мероса звучит таинственная Мелодия Забвения...

Действие происходит в ХХ веке. Правительство Токио разрешает всем носить оружие. В городе становится небезопасно. Странные монстры и не менее странные люди ведут бои с ними прямо на улицах города. Этих людей называют ангелами смерти. Глава команды — Сэй (Sei). Она — босс, все задания получает она, командование на операциях и присмотр за остальными — часть её работы. Сэй внучка старейшины техно-корпорации «Байлан» и единственная наследница. Корпорация ведет свой бизнес в разнообразных отраслях, главный интерес робототехника, вооружение и фармация, часто не брезгует грязными методами промышленного шпионажа. Сэй собрала всех членов команды в своём огромном колёсном трейлере, ставшем штаб-квартирой группы. Молчаливая Джо (Jo) живёт, сражаясь, а после задания вялая и замкнутая девушка-подросток, о ней мало, что известно. Она сражается вместе с Мег (Meg) — это рыжая девчонка в ковбойской шляпе никогда не унывает, обладает зверским аппетитом, особых боевых качеств у неё нет, но ведь надо кому-то попадать в передряги. Малышка Эми (Amy) — компьютерный гений, все роботы, сети, слежки, взломы — это её обязанности. Вместе эта четверка нанимает Кьёхея, чтобы тот готовил девушкам еду отличную от бутербродов и печенья.

Десять лет прошло с момента, когда Мегатрон пропал без вести, а Юникрон был побеждён… Десептиконы и Автоботы живут в еле-еле сдерживаемом мире, стараясь вместе разрабатывать места добычи энергона. Молодой паренёк по имени Кикер, который с детства (после знакомства с Праймом) обрёл способность чувствовать энергон, помогает обнаружить энергон на Земле, на базе Автоботов под названием Ocean City. В этот самый момент на несколько укреплений Автоботов — на Марсе и других планетах совершают нападения неизвестные силы, орды созданий напоминающие роботов-трансформеров. Элитная команда предводителя автоботов Grand Convoy выступает на поиски врага, но, обнаружив на своём пути лишь развалины, отправляются на родную планету людей и дают бой противнику на Земле. Используя свои способности, Grand Convoy и его напрники с лёгкостью отбивают нападение, но, как прекрасно понимает мудрый Convoy, это лишь начало… начало новой войны…