Прошло 150 лет с начала колонизации космоса. Земная Федерация окончательно потеряла свое политическое значение, а потому выступления за независимость колоний стали происходить все чаще. 149 год ВВ. Группа колоний «Сторона 2» объявила независимость и провозгласила создание Империи Занскар, основанной на новой тоталитарной религиозной системе. Поскольку Федерация ничего не смогла противопоставить империи, борьбу с ней взяло на себе гражданское движение сопротивления «Военная Лига». В 153 году ВВ Империя захватила Землю и построила свою главную базу в Восточной Европе. Однако в руках Лиги остались подземные восточноевропейские военные заводы.

Сюжет вращается вокруг молодой девушки по имени Мирай Озора, живущей в Токио 2045 года. Глядя на увлечённую своими любимыми занятиями - шоппингом и конкурсами красоты, Мирай трудно представить, что её старший брат Хироши - гениальный изобретатель, работающий на ZIC, одну из крупнейших технологических корпораций в мире. Все начинается с того что Хироши изобретает "Мол-Unit", устройство, позволяющее человеку существовать далеко за пределами нормальных законов физики. Полёт, суперскорость и сверхсила, неуязвимость, вот неполный список возможностей Мол-Unit`а. Единственное ограничение, однако, заключается в том, что он работает в течение ограниченного времени - всего лишь 666 секунд (чуть более 11 минут). Такое устройство могло бы изменить весь мир, но Хироши изобрёл его не столько для мира, сколько для того, чтобы потешить собственное эго. Используя возможности, даруемые "Мол-Unit`ом", Хироши становится супергероем - "Капитаном Токио".