Уиттакер получила известность после своей дебютной роли в фильме 2006 года «Венера», которая принесла ей номинацию на премию британского независимого кино. С тех пор она появилась в ряде других фильмов и телевизионных шоу в качестве исполнительницы ролей второго плана, а также выступала на Лондонской театральной сцене. На телевидении она играет одну из центральных ролей в британской драме «Убийство на пляже», начиная с 2013 года. Одновременно с этим, Уиттакер дебютировала на американском телевидении с главной ролью в сериале «Активы». 16 июля 2017 года было объявлено, что Джоди получила роль 13-го Доктора в популярном британском сериале «Доктор Кто».


С ноября 2008 года Уиттакер замужем за актёром Кристианом Контрерасом. В апреле 2015 года Уиттакер родила первенца.