Эксперимент, проведенный на ускорителе частиц, порождает мировой катаклизм, ведущий к исчезновению суши на Земле. На планете, полностью покрытой водой, члены экипажа учебного корабля кажутся единственными оставшимися в живых людьми.

Доктор Лора Дотери уже много лет занимается изучением океанских глубин. Проводя очередные научные исследования, Лора на батискафе совершает глубоководное погружение в одном из самых глубоких мест Атлантического океана. Неожиданно, из окна батискафа, Лора видит существо, которое никогда не было описано ни одним исследователем. Это существо имеет огромные размеры, и это существо весьма заинтересовалось батискафом, в котором находится Лора, видимо, это существо тоже никогда не видело ничего подобного.

События этого захватывающего фантастико–приключенческого сериала происходят в недалёком будущем. К середине 21 века человечество окончательно освоит океан и колонизирует его. Даже в самых глубоких океанских впадинах появятся шахты, заводы и предприятия. Для поддержания правопорядка в подводном пространстве будет создана Организация Объединенных Океанов Земли и экспериментальная боевая субмарина «SeaQuest». На её борту находятся ученые, занимающиеся изучением океанского дна и подводных вулканов, а также военные, которые могут оказать помощь в экстремальных ситуациях и дать отпор многочисленным врагам, мечтающим уничтожить «SeaQuest».