Недалекое будущее. Девушке-подростку Су приходится расти в изоляции: папы постоянно нет дома, а мама больше интересуется новыми технологиями, чем собственной дочерью. Однажды она приводит Су на выставку последних достижений науки и техники, где та случайно помогает сбежать из лаборатории роботу последнего поколения. Наконец-то у подростка появляется настоящий друг.

Изуку Мидория и Всемогущий прилетают на остров «I Island», где встречают старого друга Всемогущего Дэвида Шилда и его дочь Мелиссу. Также по разным причинам на этот остров пребывают другие ученики класса А-1. Пока они веселятся и празднуют, на острове появляется некая злодейская группировка, с которой ученикам Геройской академии придётся сразиться.

Много лет назад люди были изгнаны с родной планеты ордами ужасных чудовищ и бежали, спасая остатки человечества, на космических кораблях в надежде найти новый дом. А когда надежда окончательно растаяла, и немногие выжившие решили вернуться и сражаться за Землю, они потерпели сокрушительное поражение от нынешнего правителя планеты — Годзиллы. Но вскоре выяснится, что выжили не только сбежавшие в космос. Некоторые люди приспособились к новым условиям и даже создали нетехногенную цивилизацию. Двум группам таких разных теперь людей придется объединить усилия, чтобы противостоять общему врагу.

Брюс Уэйн отправится в средневековую Японию, где столкнётся со знаковыми злодеями из собственного пантеона, адаптированными под новые реалии.

После взрыва во время Токийского саммита на сайте появляется тень Тору Амуро, сотрудника Бюро безопасности национального полицейского управления, также известного как Зеро. Также появляется трехликий Рэй Фуруя, известный как детектив и ученик Когоро Мори, но являющийся членом Черного синдиката по имени Бурбон. В результате всех этих событий Когоро ареставан по подозрению в причастности к взрыву. Конан начинает расследование, чтобы доказать невиновность Когоро. Какую роль в расследовании сыграет Амуро?

Целью отряда Икс становится мощный мистический объект, который они попытаются украсть, рискуя жизнями.