После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Вырос 16-летний парень добрым, работящим и хозяйственным, потому был окружен заботой и вниманием сразу двух девушек – младшей школьной подруги Сакуры Мато и учительницы Тайги Фудзимуры, формально – опекуна, на деле – скорее старшей сестры. Все рухнуло, когда Сиро узнал, что родной город Фуюки – арена магической битвы за Святой Грааль, которая повторяется раз в несколько поколений. Вот только мир ускоряется, в итоге с последней войны прошло всего 10 лет – и уже пришла пора новой.

В будущем, в результате разрушительной войны, Земля была выжжена превратившись в большую пустыню, среди которой встречаются немногочисленные поселения выживших. Одно из последствий войны — мутация. Мутировал как животный мир, так и человечество — появились люди, имеющие третий глаз на лбу — Тенчуган (Небесный Глаз) — позволяющий им управлять техникой, а также обмениваться информацией друг с другом. Они отделились от остальных людей быстро развивая и осваивая новые технологии. В конечном счёте человечество стало полностью контролироваться Третьими — вплоть до введения ограничение на развитие науки и техники, не дававшее возможности обычным людям осваивать новые технологии.

Компания «Асахи Индастриз» отправляет начинающего клерка Рокуро Окадзиму из холодного Токио под бешеное солнце Южно-Китайского моря – он должен доставить важную посылку в филиал фирмы, находящийся на Борнео. Cудно, на котором плывет Окадзима, захватывают пираты. Их интересует «посылка» курьера, и именно он «отхватывает» больше других: вдобавок ко всему вчерашнего студента пираты забирают с собой, потому что куш, обещанный нанимателем, кажется им слишком маленьким.