Сюжет повествует о недалёком будущем, когда техника позволяет вытаскивать воспоминания умерших людей прямо из их мозга. Повествование, как водится, идёт от лица новичка, только поступившего в "контору". Особых изяществ не заметил, просто добротное - картинка и звук.

Ширафуджи Натсуки и Хаяма Котоно стоят на страже справедливости в городе Аркана, заодно работая в Детективном агентстве Куроки. Эта история начинается с дела о похищении маленьких мальчиков. Возвращаясь домой после неудачной попытки задержания подозреваемого в маске, Котоно встречает Эвана. Мальчик не помнит о себе ничего, кроме своего имени. Не успела Котоно привести его к себе домой, как на них нападает Маска и похищает Эвана. Котоно бросается в погоню и вступает в поединок со злодеем, в процессе которого выясняется, что Эван скрывает в себе немало тайн, да и за Маской стоят таинственные и могущественные силы…

Куро Хадзама, подпольный специалист, врач не имеющий лицензии, который лечит людей за очень большую плату. Он лечит абсолютно всех людей, от бедных до политиков и главарей якудз. Но за свои услуги берёт огромные суммы денег, за что стал известен, как очень жадный и чёрствый. Однако, на самом деле причиной является особое отношение к людям: если человек готов признаться в своих истинных грехах и страданиях, и искупить их, то Джек готов бесплатно лечить его. Сам Джек, получая большие суммы от богатых, тратит деньги на благотворительные акции. Когда Куро было 8 лет, произошёл сильный взрыв, вследствие чего его мать потеряла все 4 конечности, сам Куро был разорван на мелкие куски и восстановлен во время операции Ётаро Хонмы. После этой истории Куро сам решил стать хирургом и взял псевдоним Блэк Джек.

Переехав с родителями из города в живописную деревушку Хинамидзаву и подружившись в маленькой местной школе с очаровательными одноклассницами, он даже не подозревал, насколько обманчиво его представление об этом безмятежном крае и его обитателях. Но, как позднее выяснил Кэйити, за фасадом деревенской идиллии скрывается тёмная история зверских убийств и бесследных исчезновений, а под покровом благостной тиши действуют какие-то ужасные силы. Постепенно страшная тайна, скрытая в сельской глуши, стала приоткрываться перед его изумлёнными глазами…

В мире, где люди и роботы живут вместе, есть купольный город с названием "Ромудо". Находящийся под абсолютным контролем, этот рай в которым нет необходимости в такой вещи как "чувства". Но этот утопический пейзаж вскоре будет нарушен серией таинственных убийств. Рил (Лил) Мэйер, женщине-следователю из Управления Гражданской Информации, поручено расследовать причины этих убийств. Проникая глубже в суть дела, она вскоре увязает в тайне "Пробуждения", которое изменит её жизнь, и жизни всех, кто живёт в Ромудо...навсегда.

Обыкновенный мальчик Кей Куроно погибает под колесами вагона метро. Но его жизнь на этом вовсе не заканчивается. Теперь Кей вместе с другими недавно погибшими людьми должен находить и уничтожать опасных пришельцев из неизвестных современной науке миров. Одна допущенная ошибка, и схватка с пришельцем может окончательно убить охотника, поэтому Кею необходимо быть очень внимательным и осторожным. Но даже без него эта посмертная «игра» не остановится, и на смену погибшим охотникам за пришельцами придут новые….